К тому же, тут и просто инстинкт самосохранения. Если Бран с Сансой спокойно втянули Джона в свои интриги, а потом выкинули буквально на мороз, что помешает им также поступить и с неудобной сестрой? Оставаться в Вестеросе смысла нет: Брана больше нет, вместо него на троне сидит жуткая машина, Сансу после её предательства Арья может только презирать, а от Джона остался лишь выгоревший остов человека. Тут некого уже спасать и не за кого держаться.
Я бы вот тоже на ее месте сбежала из тех же соображений, потому что ее уже один раз разыграли вслепую как оружие против КН и глупо не задаться вопросом на какую амбразуру ее бросят в следующий раз? А что ее оставят в покое очень сомнительно, уж больно велик соблазн воспользоваться при необходимости ее умениями, только самой-то Арье это зачем? Ну и пример Джона перед глазами, которого просто выбросили как сломанную вещь.