Хм.
В Бена, как того, кто соврал или недоговорил, я не верю. Если честно, у него слишком небольшая роль в книгах, чтобы в итоге Дед именно с ним связал столь важный момент истории.
Да, Бен ушел в НД. Можно подумать, что он испытывал вину. Но!
Если он знал, что Лия уехала с Реем, то мог бы предположить, что Джон - сын Лианны. Тогда бы Дед дал нам хоть какой-то намек на это. Пусть Бен и отговаривал Джона вступать в НД, но, зная или предполагая правду, он бы постарался отговорить брата. Но у Бена в истории не такая уж большая роль. И он за отведенное ему время в ИП ни разу не дает усомниться в своем неведении. Или в том, что призраки прошлого его терзают так же, как Неда. нет, я не думаю, что Бен что-то такое знал. А его вступление в НД - просто выбор. Младшенький Ройса из Пролога тоже не от печалей и суеты мира в НД ушел.
Тогда остается самый очевидный человек. Эддард Старк. И вот тут (лично на мой взгляд) все встает на свои места. В Дарри по эмоциям Неда видно, что он, наблюдая за дочерьми, в каком-то смысле переживает схожий эпизод из прошлого. Можно предположить, что Нед и Лия в детстве были очень близки. Старший брат был слишком взрослым, а Бен - маленьким. Это были отношения Джона и Арьи, я думаю. Что-то похожее. Лия брату доверяла, считала его лучшим другом. Но потом Нед едет в Гнездо, где знакомится со своим сверстником, который очень быстро становится для Неда почти кумиром. Они сдруживаются настолько, что Нед относится к Бобби почти как к брату. Даже больше.
На турнире, скорее всего, Лия пыталась поговорить с Недом, рассчитывая на то, что он сможет повлиять или на Роберта, или на отца и старшего брата. Но Нед просто не понял переживаний сестры, он был на стороне Роберта и считал его идеальным мужем для сестры. Скорее всего Лия предупредила Неда, прежде чем уехать с Реем. Понадеялась, что он будет на ее стороне. Но в итоге брат и отец Старки едут в столицу, они в гневе, все считают, что Лию похитили. Нед не сказал или в тот момент, встав на сторону Роберта, ополчился против Лии и Рея?
Что-то такое вполне могло случится.
Но потом родные Неда гибнут, начинается восстание. Остановить его нед уже не может. Да и вряд ли в тот момент уже еще раз взвесил ситуацию. Но у него наверняка открылись глаза и на Роберта, и на все произошедшее в какой-то момент, раз к сестре он едет с небольшим отрядом, лишь с кругом доверенных лиц.
В дальнейшем Нед и Роберт, лучшие друзья, видятся всего 2 раза. Нед не стремится навещать друга и испытывает дискомфорт от того, что Роберт надумал посетить Север. Если бы Нед ничего не знал и все восстание прошел, не сомневаясь в верности своих действий, вряд ли бы дружба с Робертом оборвалась после его коронации. Но нет, Нед испытывает вину перед сестрой. Вину настолько сильную, что он привозит Джона в ВФ и растит как родного сына. Хранит секрет рождения и позволяет всем думать об измене жене. Насколько велика эта вина, раз Нед делает все это?
Больше всего похоже на то, что Нед изначально знал о побеге Лии. И очень быстро понял, что сам же, своим молчанием (Молчаливый волк) породил ряд событий, причинивших всем боль.
По поводу того, что Рея и Лию кто-то удерживал или они были в плену. Не думаю, что это возможно. Кто бы это мог быть? И какой был бы в этом смысл? И почему такая важная деталь в итоге не попала в руки какого-нибудь Вариса? Нет. Свидетелей так мало, что почти все они погибли до начала ИП.
Печально, что невозможно отследить перемещения Лии и Рейгара. Можно ли верить сериальному моменту, когда Сэм находит дневник верховного септона? Если подумать, раз дневник оказался в Староместе, то именно там или поблизости от этого места в тот момент находился верховный септон (если бы свой дневник септон вел в столице, то, вероятно, документы и хранились бы в столице, их бы не стали перевозить через половину страны). Тогда, возможно, изначально РЛ направились не в БР, а в Простор? А уже оттуда через какое-то время приехали в Башню радости. 
Да, я лично такой поступок осуждаю.